Knauer wurde 1944 in Würzburg geboren. Nach dem Theologiestudium weihte ihn Bischof Dr. Josef Stangl am 29. Juni 1969 in Würzburg zum Priester. Knauers erste Seelsorgsstelle war Grettstadt. 1970 kam er als Kaplan nach Marktheidenfeld, wo er auch Dekanatsjugendseelsorger war, 1974 nach Kitzingen-Sankt Johannes. 1975 verlieh ihm der Bischof die Pfarrei Ebern. Dort wurde Knauer 1978 auch Schulbeauftragter des Dekanats, von 1987 bis 1988 war er auch Stellvertreter des Dekans. Ende 1988 wechselte er auf die Pfarrei Sankt Pius in Lohr am Main. Von 1993 bis 1996 war er zugleich Pfarrer von Rechtenbach. Im Jahr 2000 ernannte ihn der Bischof zum Pfarrer von Sennfeld. Dort ist Knauer auch Präses des Ortsverbands der Katholischen Arbeitnehmer-Bewegung (KAB). Seit 2005 hat er auch die Aufgabe des Geistlichen Beirats der Berufsgemeinschaft der Pfarrhaushälterinnen inne und ist Mitglied im Verwaltungsausschuss des Theklawerks. 2010 ernannte Bischof Dr. Friedhelm Hofmann Knauer, bisher Pfarrer von Sennfeld, zum Pfarrvikar in der Pfarreiengemeinschaft „Sankt Christophorus im Mainbogen“ unter Beibehaltung des Titels „Pfarrer“.
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