Mit dem Untergang des Hochstifts Würzburg 1803 verschwand das Kiliansfest. Seit den napoleonischen Kriegen waren die Reliquien der Frankenapostel verschollen. Nachdem sie 1849 wiederentdeckt wurden, kam es zu einer Neubelebung der Kiliansverehrung.

Unter Bischof Matthias Ehrenfried erhielt die Kilianiwoche ihre heutige Form. Seit 1935 pilgern Christen aus den einzelnen Dekanaten an verschiedenen Wochentagen nach Würzburg. Im Sommer 1949 überführte Bischof Julius Döpfner die Kiliansreliquien aus Gerolzhofen, wohin sie während des Kriegs gebracht worden waren, in das notdürftig hergerichtete Neumünster.

Nach der Wiedereröffnung des Doms führte die feierliche Reliquienprozession zum Auftakt der Kiliani-Wallfahrtswoche vom Neumünster durch die Innenstadt zur Kathedralkirche. Erstmals 2007, mit dem Beginn der Renovierungsarbeiten an der Neumünsterkirche, startete die Reliquienprozession in der Pfarrkirche Sankt Burkard. Von dort aus werden die Häupter der drei Frankenapostel über die alte Mainbrücke und durch die Domstraße in den Kiliansdom gebracht.

Während der Kiliani-Wallfahrtswoche gibt es Gottesdienste für sämtliche Dekanate im Bistum oder für Zielgruppen, wie Schüler und Ehrenamtliche, Kranke, Jugendliche und Ministranten, Priester und Ordensleute, Arbeitnehmer, Polizeibeamte oder Lehrkräfte und Politiker. In den Tagen der Kiliani-Wallfahrt pilgern jährlich rund 17.000 Menschen zu Fuß, per Rad oder mit dem Schiff nach Würzburg.

Bis heute blicken die Franken voll Dankbarkeit auf das Wirken des irischen Wanderbischofs Kilian und seiner beiden Gefährten Kolonat und Totnan. Die Wallfahrtswoche, die anläßlich des Hochfests der Frankenapostel Jahr für Jahr von über zehntausend Gläubigen in Würzburg begangen wird, erinnert ebenso an ihr Wirken wie die 46 Kirchen im Bistum, die dem heiligen Kilian geweiht sind.

Die ersten Berührungen mit dem Christentum hatten die Bewohner des heutigen Unterfrankens wohl im sechsten und siebten Jahrhundert, mit dem Beginn der Kolonisierung durch die Merowinger. Ein Amtsherzog verwaltete im Auftrag der Frankenkönige das südliche Thüringen und die Mainlande. Sie waren zwar dem Namen nach Christen, förderten den Glauben aber mit Rücksicht auf die nicht christlichen Nachbarn kaum. Auch gab es in der stark veräußerlichten Kirche des Merowingerreiches manche Missstände.

Als der Missionsbischof Kilian mit seinen Gefährten um 686 nach Würzburg kam, fand er also kein überzeugendes christliches Leben vor. Die Missionare aus Irland hielten dem Herzoghaus - über das auch später noch Klagen wegen Ungerechtigkeit, Tyrannei und Unterdrückung seiner Untertanen bekannt wurden - das Gesetz Christi vor Augen. Solange die Reichsgewalt die Glaubensboten schützen konnte, durfte Kilian predigen, taufen und firmen. Als aber die Friesen ins nördliche Merowingerreich einfielen und alle Kräfte dorthin abgezogen wurden, veranlasste das herzogliche Haus 689 die Ermordung der Missionare. Besonders im Frauenkloster Karlburg am Main blieb die Kunde vom Märtyrertod der Glaubensboten lebendig.

Das Jahr der Ermordung der Frankenapostel - 689 - ist letztlich nicht genau zu bestimmen. Als älteste glaubwürdige Quelle gilt die zwischen 768 und dem Ende des 8. Jahrhunderts abgefasste "Passio minor". Danach kam Kilian als Führer einer Gruppe irischer Missionare an den Main in die Gegend von "Wirziburc". Unter seinen Begleitern befanden sich der Priester Kolonat und der Diakon Totnan. Mit ihnen pilgerte Kilian noch einmal nach Rom, wo ihm der Papst die Vollmacht zur Missionierung im östlichen Franken und zugleich die Bischofswürde erteilte.

Nach Würzburg zurückgekehrt, konnte Kilian den dort als Lehensmann der Merowinger Könige residierenden thüringischen Herzog Gozbert und seinen Stamm taufen. Gozbert aber hatte nach alter Sitte die Witwe seines Bruders, Gailana, zur Frau genommen. Nach christlichem Gesetz galt das damals als Blutschande, so dass Kilian den Herzog bedrängte, die Verbindung aufzulösen. Gailana jedoch nutzte eine Abwesenheit ihres Mannes, den Bischof und seine beiden Gefährten zur Nachtzeit in einer Halle des Schlosses ermorden zu lassen.